Năm 1600, Trịnh Tùng được phong vương, chính thức trở thành chúa. Họ Trịnh được hưởng quyền thế tập (cha truyền con nối). Từ đây họ Trịnh lập ra hệ thống tổ chức chính quyền ở phủ chúa tương ứng với chính quyền có sẵn bên cung vua.

Nắm thực quyền điều hành triều đình, các chúa Trịnh đồng thời định đoạt các chính sách đời sống xã hội, khống chế triều đình nhà Lê. Một số vị vua Lê hoặc tông thất nhà Lê có ý định chống lại họ Trịnh để giành lại quyền bính như Lê Kính Tông, Lê Duy Mật, Lê Duy Vĩ đều thất bại và bị giết.

Chính quyền Lê-Trịnh không có sơ sở vững chắc trong dân[1] lại phải thường xuyên đương đầu với sự uy hiếp từ nhiều phía nên các chúa Trịnh đã sớm có ý thức hình thành một lực lượng quân đội thường trực đủ mạnh để tự vệ. Từ năm 1600, Trịnh Tùng chia quân đội làm hai loại: quân thường trực và ngoại binh.

Bên cạnh cuộc chiến chống họ Nguyễn phía nam từ năm 1627 đến 1672, họ Trịnh phải đối phó với tàn dư họ Mạc ở Cao Bằng tới năm 1677 và các chúa Bầu ở Tuyên Quang tới năm 1699.

Kể từ giữa thế kỷ 18, do phải đối phó với các cuộc khởi nghĩa nông dân Đàng Ngoài, chúa Trịnh còn huy động thêm nhiều dân đinh các làng xã, phiên chế thành đội ngũ gọi là hương binh, phủ binh. Trong số các cuộc khởi nghĩa nông dân, mạnh nhất là các cuộc nổi dậy của quận He, quận Hẻo, Lê Duy Mật, Hoàng Công Chất. Các cuộc khởi nghĩa này cuối cùng bị dẹp năm 1770.

Sau khi dẹp yên các cuộc khởi nghĩa nông dân, nhân Đàng Trong có phong trào nổi dậy của anh em Tây Sơn, Trịnh Sâm điều quân vượt sông Gianh đánh Thuận Hóa. Đầu năm 1775 quân Trịnh chiếm được Phú Xuân, mở rộng bờ cõi Bắc Hà lần đầu tiên tới vùng đất Thuận Hóa mà trong 7 lần tranh chiến trong thế kỷ 17 chưa bao giờ họ Trịnh tiến đến được.